Ο Εμμανουήλ Μ. Χριστοφακάκης έχει εξειδικευτεί σε ζητήματα διοικητικού δικαίου, δικαίου δημοσίου συμβάσεων, φορολογικού και συνταγματικού δικαίου και είναι κάτοχος του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Εξειδίκευσης στο Δημόσιο Δίκαιο από τη Νομική Αθηνών. 

​

  Ως προς το φορολογικό δίκαιο, έχει ασχοληθεί με ζητήματα φορολογικού σχεδιασμού στο πλαίσιο του Μεταπτυχιακού Διπλώματος από το Ινστιτούτο Δικαίου και Χρηματοοικονομικών του Πανεπιστημίου της Φρανκφούρτης. Επίσης, έχει συμβουλέψει διεθνή επενδυτικά funds σε σχέση με φορολογικά ζητήματα.